Tato bakalářská práce se zabývá obrazovou analýzou mikroskopických preparátů parazitologických vzorků malárie. Cílem této práce je navrhnout vhodný algoritmus pro detekci struktur podezřelých z obsahu plasmodií ve snímcích krevních vzorků. Teoretická část pojednává obecně o daném onemocnění, jak běžně probíhá jeho laboratorní diagnostika a o epidemiologii. Dále jsou zde předloženy informace o původci, jeho vývojovém cyklu a způsobech přenosu následované popisem technického řešení optického mikroskopu, jenž se pro laboratorní diagnostiku malárie běžně používá. V praktické části je popsána analýza a postup detekce malarických plasmodií v krevních vzorcích.
Anotace v angličtině
The Bachelor thesis deals with a topic of image analysis of microscopic slides of parasitological samples of malaria. The main goal of this thesis is to design a suitable algorithm for detection of structures believed to contain plasmodium in images of blood samples. The theoretical part of this thesis describes malaria itself, general process of its laboratory diagnosis and about epidemiology. Furthermore there are information on different types of malaria parasites, their life cycle and specific ways of transmission to human characteristic for each type, followed by description of technical solution of a microscope which is commonly used for laboratory diagnosis of malaria. Practical part includes description of analysis and procedure of detection trophozoites in blood samples.
Tato bakalářská práce se zabývá obrazovou analýzou mikroskopických preparátů parazitologických vzorků malárie. Cílem této práce je navrhnout vhodný algoritmus pro detekci struktur podezřelých z obsahu plasmodií ve snímcích krevních vzorků. Teoretická část pojednává obecně o daném onemocnění, jak běžně probíhá jeho laboratorní diagnostika a o epidemiologii. Dále jsou zde předloženy informace o původci, jeho vývojovém cyklu a způsobech přenosu následované popisem technického řešení optického mikroskopu, jenž se pro laboratorní diagnostiku malárie běžně používá. V praktické části je popsána analýza a postup detekce malarických plasmodií v krevních vzorcích.
Anotace v angličtině
The Bachelor thesis deals with a topic of image analysis of microscopic slides of parasitological samples of malaria. The main goal of this thesis is to design a suitable algorithm for detection of structures believed to contain plasmodium in images of blood samples. The theoretical part of this thesis describes malaria itself, general process of its laboratory diagnosis and about epidemiology. Furthermore there are information on different types of malaria parasites, their life cycle and specific ways of transmission to human characteristic for each type, followed by description of technical solution of a microscope which is commonly used for laboratory diagnosis of malaria. Practical part includes description of analysis and procedure of detection trophozoites in blood samples.
Cíle práce:
Cílem práce bude seznámit se s principem obrazové analýzy a prozkoumat možnost využití u vzorků krevních nátěrů s plasmodii.
V teoretické části se budu věnovat přehledu výskytu a mortality malárie (nejaktuálnější informace), popisu původce, přenosu a diagnostice malárie. Dále se zaměřím na zařízení využívaná při obrazové analýze a analýzu samotnou.
V praktické části se budu zabývat prací s krevními nátěry, snímáním mikroskopických obrazů a jejich následnou obrazovou analýzou pomocí vhodných softwarových prostředků.
Teoretická východiska:
Malárie je jedna z nejzávažnějších parazitárních nákaz na světě. Včasná diagnóza je esenciální pro záchranu lidského života. Problémem je ale pomalá analýza vzorků při hledání plasmodií v krevních nátěrech a chybovost způsobená lidským faktorem. Proto je vhodné se této problematice věnovat.
Výzkumné předpoklady:
Nafocení vzorků krevních nátěrů obsahující plasmodia. Zpracování pomocí vhodného softwaru. Definování standartních obrazů.
Metoda:
Mikroskopická obrazová analýza
Technika práce, vyhodnocení dat:
Vyhodnocení a porovnání mikroskopických obrazů v tzv. tenkých nátěrech popis plasmodií a kvantifikace stanovení parazitémie, SW pro práci s mikroskopickými obrazy
Místo a čas realizace výzkumu:
Technická univerzita v Liberci, 9/2017 - 4/2018.
Zásady pro vypracování
Cíle práce:
Cílem práce bude seznámit se s principem obrazové analýzy a prozkoumat možnost využití u vzorků krevních nátěrů s plasmodii.
V teoretické části se budu věnovat přehledu výskytu a mortality malárie (nejaktuálnější informace), popisu původce, přenosu a diagnostice malárie. Dále se zaměřím na zařízení využívaná při obrazové analýze a analýzu samotnou.
V praktické části se budu zabývat prací s krevními nátěry, snímáním mikroskopických obrazů a jejich následnou obrazovou analýzou pomocí vhodných softwarových prostředků.
Teoretická východiska:
Malárie je jedna z nejzávažnějších parazitárních nákaz na světě. Včasná diagnóza je esenciální pro záchranu lidského života. Problémem je ale pomalá analýza vzorků při hledání plasmodií v krevních nátěrech a chybovost způsobená lidským faktorem. Proto je vhodné se této problematice věnovat.
Výzkumné předpoklady:
Nafocení vzorků krevních nátěrů obsahující plasmodia. Zpracování pomocí vhodného softwaru. Definování standartních obrazů.
Metoda:
Mikroskopická obrazová analýza
Technika práce, vyhodnocení dat:
Vyhodnocení a porovnání mikroskopických obrazů v tzv. tenkých nátěrech popis plasmodií a kvantifikace stanovení parazitémie, SW pro práci s mikroskopickými obrazy
Místo a čas realizace výzkumu:
Technická univerzita v Liberci, 9/2017 - 4/2018.
Seznam doporučené literatury
[1] GÖPFERTOVÁ, Dana a Petr PAZDIORA. 100 infekcí: (epidemiologie pro praxi). Praha: Triton, 2015. ISBN 978-80-7387-846-7.
[2] ROZSYPAL, Hanuš. Základy infekčního lékařství. Praha: Karolinum, 2015. ISBN 978-80-246-2932-2.
[3] VOTAVA, Miroslav. Lékařská mikrobiologie vyšetřovací metody. Brno: Neptun, 2010. ISBN 978-80-86850-04-8.
[4] GOERING, Richard V. a kol. Mimsova lékařská mikrobiologie. Vyd. 5. Praha: Triton, 2016. ISBN 978-80-7387-928-0.
[5] JURÁNKOVÁ, Jana. Klinická mikrobiologie v laboratorní praxi: bakalářský obor Zdravotnický laborant. Brno: Masarykova univerzita, 2011. ISBN 978-80-210-5657-2.
[6] ŠERÝ, Vladimír a Ondrej BÁLINT. Tropická a cestovní medicína. Praha: Medon, 1998. ISBN 80-902122-4-7.
[7] ČERVINKOVÁ, Pavla. Diagnostika malárie. Hradec Králové, 2016. Bakalářská práce. Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd. Dostupné také z: https://is.cuni.cz/webapps/zzp/detail/160218/24438035/?q
[8] ČÍŽKOVÁ, Martina. Změny struktury hemoglobinu v souvislosti s onemocněním malárií. Brno, 2012. Bakalářská práce. Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Ústav antropologie. Dostupné take z: https://is.muni.cz/th/357576/prif_b/
[9] KINKOROVÁ, Judita. Výzkum malárie v prioritě Zdraví v 7. RP. Echo: informace o evropském výzkumu, vývoji a inovacích. 2008, 2008(6), 12-13. ISSN 1214-7982. Dostupné také z: http://www.tc.cz/cs/storage/e4064c1fac393b1bc821098bd1d2117ef23f0809?uid=e4064c1fac393b1bc821098bd1d2117ef23f0809
[10] GETHING, Peter W a kol. A new world malaria map: Plasmodium falciparum endemicity in 2010. Malaria Journal. 2011, 10(1), 378- . DOI 10.1186/1475-2875-10-378. ISSN 1475-2875. Dostupné také z: http://malariajournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2875-10-378
[11] Labtest - Malárie. Labtest [online]. Washington, DC: American Association for Clinical Chemistry, c2001-2017 [cit. 2017-04-28]. Dostupné z: http://www.labtestsonline.cz/condition/malarie.html?idx=3
[12] WHO | Malaria. WHO | World Health Organization [online]. WHO, 2017 [cit. 2017-04-28]. Dostupné z: http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs094/en/
[13] PURWAR, Yashasvi a kol. Automated and unsupervised detection of malarial parasites in microscopic images. Malaria Journal. 2011, 10(1), 364-. DOI 10.1186/1475-2875-10-364. ISSN 1475-2875. Dostupné také z: https://malariajournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2875-10-364
[14] PRESCOTT, William R a kol. Performance of a malaria microscopy image analysis slide reading device. Malaria Journal. 2012, 11(1), 155-. DOI 10.1186/1475-2875-11-155. ISSN 1475-2875. Dostupné také z: https://malariajournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2875-11-155
Seznam doporučené literatury
[1] GÖPFERTOVÁ, Dana a Petr PAZDIORA. 100 infekcí: (epidemiologie pro praxi). Praha: Triton, 2015. ISBN 978-80-7387-846-7.
[2] ROZSYPAL, Hanuš. Základy infekčního lékařství. Praha: Karolinum, 2015. ISBN 978-80-246-2932-2.
[3] VOTAVA, Miroslav. Lékařská mikrobiologie vyšetřovací metody. Brno: Neptun, 2010. ISBN 978-80-86850-04-8.
[4] GOERING, Richard V. a kol. Mimsova lékařská mikrobiologie. Vyd. 5. Praha: Triton, 2016. ISBN 978-80-7387-928-0.
[5] JURÁNKOVÁ, Jana. Klinická mikrobiologie v laboratorní praxi: bakalářský obor Zdravotnický laborant. Brno: Masarykova univerzita, 2011. ISBN 978-80-210-5657-2.
[6] ŠERÝ, Vladimír a Ondrej BÁLINT. Tropická a cestovní medicína. Praha: Medon, 1998. ISBN 80-902122-4-7.
[7] ČERVINKOVÁ, Pavla. Diagnostika malárie. Hradec Králové, 2016. Bakalářská práce. Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra biologických a lékařských věd. Dostupné také z: https://is.cuni.cz/webapps/zzp/detail/160218/24438035/?q
[8] ČÍŽKOVÁ, Martina. Změny struktury hemoglobinu v souvislosti s onemocněním malárií. Brno, 2012. Bakalářská práce. Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, Ústav antropologie. Dostupné take z: https://is.muni.cz/th/357576/prif_b/
[9] KINKOROVÁ, Judita. Výzkum malárie v prioritě Zdraví v 7. RP. Echo: informace o evropském výzkumu, vývoji a inovacích. 2008, 2008(6), 12-13. ISSN 1214-7982. Dostupné také z: http://www.tc.cz/cs/storage/e4064c1fac393b1bc821098bd1d2117ef23f0809?uid=e4064c1fac393b1bc821098bd1d2117ef23f0809
[10] GETHING, Peter W a kol. A new world malaria map: Plasmodium falciparum endemicity in 2010. Malaria Journal. 2011, 10(1), 378- . DOI 10.1186/1475-2875-10-378. ISSN 1475-2875. Dostupné také z: http://malariajournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2875-10-378
[11] Labtest - Malárie. Labtest [online]. Washington, DC: American Association for Clinical Chemistry, c2001-2017 [cit. 2017-04-28]. Dostupné z: http://www.labtestsonline.cz/condition/malarie.html?idx=3
[12] WHO | Malaria. WHO | World Health Organization [online]. WHO, 2017 [cit. 2017-04-28]. Dostupné z: http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs094/en/
[13] PURWAR, Yashasvi a kol. Automated and unsupervised detection of malarial parasites in microscopic images. Malaria Journal. 2011, 10(1), 364-. DOI 10.1186/1475-2875-10-364. ISSN 1475-2875. Dostupné také z: https://malariajournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2875-10-364
[14] PRESCOTT, William R a kol. Performance of a malaria microscopy image analysis slide reading device. Malaria Journal. 2012, 11(1), 155-. DOI 10.1186/1475-2875-11-155. ISSN 1475-2875. Dostupné také z: https://malariajournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/1475-2875-11-155
Přílohy volně vložené
DVD
Přílohy vázané v práci
ilustrace, tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Průběh obhajoby je zveřejněn pouze přihlášenému uživateli.