Cílem této práce je obecné zhodnocení porovnatelnosti metod analýz biofilmu. Teoretická část práce řeší základní pojmy v oblasti biotechnologie vod a základní principy a postupy jednotlivých metod vyhodnocení biofilmu.
V dalších částech práce jsou podrobně rozebrány jednotlivé analýzy a jejich výsledky. Odborná část se zabývá provozem biologického reaktoru, kde byly umístěny vlákenné nosiče sloužící pro uchycení biomasy. Důležitým procesem pro provoz reaktoru a tvorbu biofilmu byla nitrifikace. Z nosičů byly v pravidelných intervalech během šesti týdnů odebírány vzorky biofilmu a analyzovány pomocí metod molekulární biologie, respirometrie a optické mikroskopie. Metody molekulárně biologické zahrnují izolaci DNA a následnou kvantitativní polymerázovou řetězovou reakci a FISH analýzu.
Anotace v angličtině
The aim of this work is a general assessment of comparability of biofilm evaluation methods. The theoretical part deals with the basic concepts of water biotechnology and the basic principles and procedures of individual methods of biofilm evaluation.
In the following parts of the thesis, the individual analyzes, and their results are analyzed in detail. The essence of the expert part is the solution of the operation of the biological reactor, where the fibrous carriers used for biomass attachment were placed. Nitrification was an important process for reactor operation and biofilm formation. Samples were taken from the carriers at regular intervals over six weeks and analyzed by molecular biology, respirometry and optical microscopy methods. Molecular biological methods include DNA isolation and subsequent quantitative polymerase chain reaction and FISH analysis.
Cílem této práce je obecné zhodnocení porovnatelnosti metod analýz biofilmu. Teoretická část práce řeší základní pojmy v oblasti biotechnologie vod a základní principy a postupy jednotlivých metod vyhodnocení biofilmu.
V dalších částech práce jsou podrobně rozebrány jednotlivé analýzy a jejich výsledky. Odborná část se zabývá provozem biologického reaktoru, kde byly umístěny vlákenné nosiče sloužící pro uchycení biomasy. Důležitým procesem pro provoz reaktoru a tvorbu biofilmu byla nitrifikace. Z nosičů byly v pravidelných intervalech během šesti týdnů odebírány vzorky biofilmu a analyzovány pomocí metod molekulární biologie, respirometrie a optické mikroskopie. Metody molekulárně biologické zahrnují izolaci DNA a následnou kvantitativní polymerázovou řetězovou reakci a FISH analýzu.
Anotace v angličtině
The aim of this work is a general assessment of comparability of biofilm evaluation methods. The theoretical part deals with the basic concepts of water biotechnology and the basic principles and procedures of individual methods of biofilm evaluation.
In the following parts of the thesis, the individual analyzes, and their results are analyzed in detail. The essence of the expert part is the solution of the operation of the biological reactor, where the fibrous carriers used for biomass attachment were placed. Nitrification was an important process for reactor operation and biofilm formation. Samples were taken from the carriers at regular intervals over six weeks and analyzed by molecular biology, respirometry and optical microscopy methods. Molecular biological methods include DNA isolation and subsequent quantitative polymerase chain reaction and FISH analysis.
1. Seznamte se s problematikou čištění odpadních vod pomocí mikroogranismů.
2. Vypracujete rešerši zaměřenou na metody molekulární biologie.
3. Vypracujete rešerši zaměřenou na metody respirometrické.
4. Navrhněte plán experimentu.
5. Připravte a zprovozněte laboratorní biologický modul včetně nosičů biomasy.
6. Pomocí metod molekulární biologie a respirometrie analyzujte biofilm na nanovlákenných a mikrovlákenných nosičích a sledujte změny v reaktoru.
7. Zpracujte, porovnejte a diskutujte výsledky jednotlivých testů.
Zásady pro vypracování
1. Seznamte se s problematikou čištění odpadních vod pomocí mikroogranismů.
2. Vypracujete rešerši zaměřenou na metody molekulární biologie.
3. Vypracujete rešerši zaměřenou na metody respirometrické.
4. Navrhněte plán experimentu.
5. Připravte a zprovozněte laboratorní biologický modul včetně nosičů biomasy.
6. Pomocí metod molekulární biologie a respirometrie analyzujte biofilm na nanovlákenných a mikrovlákenných nosičích a sledujte změny v reaktoru.
7. Zpracujte, porovnejte a diskutujte výsledky jednotlivých testů.
Seznam doporučené literatury
[1] Ambrožová J., (2001). Aplikovaná a technická hydrobiologie, Skriptum VŠCHT Praha. ISBN 80-7080-463-7.
[2] Alberts B., (2014): Molecular Biology of the Cell, 6th Ed. PB, Taylor and Francis, New York US, s. 1342. ISBN: 978-0815344322.
[3] Nielsen, Daims, Lemmer, (2009). FISH handbook for biological wastewater treatment: identification and quantification of microorganisms in activated sludge and biofilms by FISH. London: IWA Publishing. ISBN 9781843392316.
[4] Azeredo J., et al., (2017). Critical review on biofilm methods. Critical Reviews in Microbiology [online]. 43(3), 313351. ISSN 1040-841X.
[5] Kogler, Clayton, Thissen, Santos, Kingshott, (2012). The influence of nanostructured materials on biointerfacial interactions. Advanced Drug Delivery Reviews [online]. 64(15), 18201839. ISSN 0169409X.
[6] Columbus Instruments, (2018). Micro-Oxymax Layman's Guide to Measurement Principles [online]. [cit. 2018-09-24]. Dostupné z: http://hazenlab.utk.edu/files/equipment/microOxymaxPrimer.pdf.
[7] Fall, C., Flores, N., Espinoza, M., Vazquez, G., Loaiza-Návia, J., van Loosdrecht, M.C., Hooijmans, C., (2011). Divergence Between Respirometry and Physicochemical Methods in the Fractionation of the Chemical Oxygen Demand in Municipal Wastewater. Water Environment Research. 83, 162172. https://doi.org/10.2175/106143010X12780288627931.
[8] ISO 9439 (1999): Water quality evaluation of ultimate aerobic biodegradability of organic compounds in aqueous medium. Carbon dioxide evolution test; ISO 9408 (1999): Water quality evaluation of ultimate aerobic biodegradability of organic compounds in aqueous medium by determination of oxygen demand in a closed respirometer; ISO 8192 (2007): Water quality test for Inhibition of Oxygen Consumption by Activated Sludge for Carbonaceous and Ammonium Oxidation.
[9] Reuschenbach, P., Pagga, U., Strotmann, U., (2003). A critical comparison of respirometric biodegradation tests based on OECD 301 and related test methods. Water Research. 37, 15711582. https://doi.org/10.1016/S0043-1354(02)00528-6.
[10] Vanrolleghem, P., (2002). "Principles of Respirometry in Activated Sludge Wastewater Treatment." Proceedings International Workshop on Recent Development in Respirometry for Wastewater Treatment Plant Monitoring and Control, Taipei, Taiwan, October 22-23, 2/1-20.
Seznam doporučené literatury
[1] Ambrožová J., (2001). Aplikovaná a technická hydrobiologie, Skriptum VŠCHT Praha. ISBN 80-7080-463-7.
[2] Alberts B., (2014): Molecular Biology of the Cell, 6th Ed. PB, Taylor and Francis, New York US, s. 1342. ISBN: 978-0815344322.
[3] Nielsen, Daims, Lemmer, (2009). FISH handbook for biological wastewater treatment: identification and quantification of microorganisms in activated sludge and biofilms by FISH. London: IWA Publishing. ISBN 9781843392316.
[4] Azeredo J., et al., (2017). Critical review on biofilm methods. Critical Reviews in Microbiology [online]. 43(3), 313351. ISSN 1040-841X.
[5] Kogler, Clayton, Thissen, Santos, Kingshott, (2012). The influence of nanostructured materials on biointerfacial interactions. Advanced Drug Delivery Reviews [online]. 64(15), 18201839. ISSN 0169409X.
[6] Columbus Instruments, (2018). Micro-Oxymax Layman's Guide to Measurement Principles [online]. [cit. 2018-09-24]. Dostupné z: http://hazenlab.utk.edu/files/equipment/microOxymaxPrimer.pdf.
[7] Fall, C., Flores, N., Espinoza, M., Vazquez, G., Loaiza-Návia, J., van Loosdrecht, M.C., Hooijmans, C., (2011). Divergence Between Respirometry and Physicochemical Methods in the Fractionation of the Chemical Oxygen Demand in Municipal Wastewater. Water Environment Research. 83, 162172. https://doi.org/10.2175/106143010X12780288627931.
[8] ISO 9439 (1999): Water quality evaluation of ultimate aerobic biodegradability of organic compounds in aqueous medium. Carbon dioxide evolution test; ISO 9408 (1999): Water quality evaluation of ultimate aerobic biodegradability of organic compounds in aqueous medium by determination of oxygen demand in a closed respirometer; ISO 8192 (2007): Water quality test for Inhibition of Oxygen Consumption by Activated Sludge for Carbonaceous and Ammonium Oxidation.
[9] Reuschenbach, P., Pagga, U., Strotmann, U., (2003). A critical comparison of respirometric biodegradation tests based on OECD 301 and related test methods. Water Research. 37, 15711582. https://doi.org/10.1016/S0043-1354(02)00528-6.
[10] Vanrolleghem, P., (2002). "Principles of Respirometry in Activated Sludge Wastewater Treatment." Proceedings International Workshop on Recent Development in Respirometry for Wastewater Treatment Plant Monitoring and Control, Taipei, Taiwan, October 22-23, 2/1-20.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Průběh obhajoby je zveřejněn pouze přihlášenému uživateli.